До совершеннолетия жил в Туркменистане. После окончании средней школы поступил учиться в ПТУ на помощника машиниста тепловоза, затем, бросив ПТУ, работал на Марыйском ремонтно-механическом заводе, а также занимался мелким полулегальным и нелелегальным бизнесом. В 1993 году, отслужив 2 месяца в туркменской армии в Ашхабаде, дезертировал, чтобы избежать ареста по уголовному делу, заведенному на него Марыской прокуратурой, и в январе 1994 года переехал в Россию. Утверждает, что покинул Туркмению "по политическим мотивам". В 2001 году начал публиковать свои рассказы на литературных сайтах в Интернете. Всего опубликовано около сотни, большая часть из которых доступна и сейчас. Вместе с Сергеем Минаевым учредил литературный портал litprom.ru, в дальнейшем Багиров стал его главным редактором. В 2006 году приступает к литературной деятельности вплотную.  В 2007 году у Багирова выходит полуавтобиографический дебютный роман «Гастарбайтер», повествующий о приключениях молодого парня, приехавшего без копейки денег покорять Москву. «Гастарбайтер», рекламировавшийся по Москве под провокативным лозунгом «Слава России!», принёс Багирову известность. В книжном магазине «Москва» книга входила в двадцатку популярных, в «Библио-Глобусе» занимала третье место по продажам среди российской беллетристики. В ноябре 2008 года увидел свет второй роман - "Любовники". Он продолжает сюжетную линию "Гастарбайтера", в то же время являясь вполне самостоятельным произведением. Роман основан на реальных событиях и повествует о молодом парне из ниоткуда, влюбившегося в москвичку из благополучной и обеспеченной семьи. Знакомство перерастает во взаимную влюблённость, а любовный треугольник по ходу сюжета превращается четырёхугольник. Основная идея романа - доказать, что настоящая любовь возможна, и непреодолимых преград для нее не существует.  В июле 2010 года вышел третий роман - "Идеалист". Сейчас Багиров работает над своим четвертым романом под рабочим названием "Россия-2045", а также над сценариями нескольких исторических кинофильмов. В 2010 году Багиров основал сценарное бюро, дебютировавшее сценарием полнометражного художественного фильма «Онегин». В 2013 году вышел 10-серийный исторический фильм "Пепел". Фильм стал телесериалом года в России, вошел в число «лучших телевизионных проектов за последние 12 лет», выдвинут на премию Ассоциации продюсеров кино и телевидения по целому ряду номинаций, также вошел в золотой фонд телеканала «Россия 1». В июне 2011 года Багиров арестован в Кишиневе спецслужбами Молдавии по обвинению в организации и управлении государственным переворотом, случившимся 7 апреля 2009 года. В защиту политзаключенного выступили российский МИД, Государственная Дума Российской Федерации, Европарламент и ОБСЕ. Продержав четыре месяца в нескольких тюрьмах, в октябре 2011 года Багирова под сильнейшим давлением общественности и официальных органов переводят под домашний арест. Уже через несколько дней он, тайно перейдя несколько границ, покидает Молдавию и возвращается в Москву. Обвинения в свою сторону он считает надуманными и бессодержательными. Арестовавший Багирова руководитель чекистской группы впоследствии награжден президентом Молдавии медалью "За боевые заслуги". По запросу молдавских государственных органов фамилия Багирова почти два года числилась в списке разыскиваемых Интерполом. Летом 2013 года Интерпол принял решение убрать Багирова из списка разыскиваемых, признав его дело политическим. Несмотря на это, в апреле 2015 года суд Кишинёва приговорил Багирова к 5-ти годам реального тюремного заключения.  На президентских выборах 2012 года Эдуард Багиров являлся Доверенным лицом кандидата в Президенты Российской Федерации Владимира Владимировича Путина. Имеет Благодарность Президента за активное участие в президентской избирательной кампании 2012 года.