В возрасте пяти лет Йен с семьёй перебрался в Северную Ирландию. Взросление будущего автора проходило на фоне так называемых «Проблем» 1968 — 1999 годов, что не могло не наложить определённый отпечаток на его мироощущение (позднее, многие произведения Йена так или иначе будут затрагивать проблемы постколониализма и взаимоотношений стран «третьего мира» с бывшими метрополиями).

В 1982 году в журнале «Extro» было опубликовано дебютное произведение Макдональда — рассказ «The Island of the Dead». Последующие четыре рассказа увидели свет уже в журнале «Asimov's», после чего редактор Шона Маккарти предложила автору попробовать свои силы в написании романа. По словам Йена, сюжет вышедшего в 1988 году романа «Desolation Road» навеян «Марсианскими хрониками» Рэя Брэдбери и книгой «Сто лет одиночества» Маркеса. Роман был положительно оценён критиками и получил премию «Locus» 1989 года в номинации «Лучший дебютный роман». Затем последовали остросюжетная антиутопия в духе Воннегута «Out on Blue Six» (1989 г.) (номинировался на «Locus»), фэнтези «King of Morning, Queen of Day» (1991 г.) (изначально роман задумывался в виде контрапункта к книге Макэвой «The Book of Kells», предлагавшей, по мнению Йена, откровенно устаревший взгляд на ирландскую мифологию), выигравший премию «Philip K. Dick Award», экстравагантно-авантюрный флик «Hearts, Hands, and Voices» (1992 г.) (номинировался на «Locus», «Clarke» и «British SF Award»), калейдоскопический хоррор «Necroville» (1994 г.), лиричный киберпанк «Камень, ножницы, бумага» (1994 г.) (получил премию «Kurd Laßwitz» в 1995 году как лучший иностранный роман), научно-фантастические романы из цикла «Chaga Saga», комплексный киберпанк-роман «Река Богов» (2004 г.), награждённый в 2005 году премией «British SF Award» и номинировавшийся на «Hugo», «Clarke», «Tiptree», «Locus», и несколько других романов.

В настоящее время Йен Макдональд проживает в Белфасте (Северная Ирландия) и работает начальником отдела развития крупной телекоммуникационной компании.